Gichin Funakoshi sinh ngày 10 tháng 11 năm 1868,  Thời kỳ Minh Trị , ở Shuri, Okinawa , với một Pechin Ryūkyūan . Ban đầu ông có tên là Tominakoshi. Thuở nhỏ, Gichin là đứa trẻ sinh thiếu tháng ốm yếu. Tên của cha ông là Gisu. Sau khi vào tiểu học, anh trở thành bạn thân với con trai của Ankō Azato , một võ sư karate và kendo, người sau đó trở thành giáo viên karate đầu tiên của mình. Gia đình của Gichin đã không chịu nghe theo lệnh bãi bỏ của chính phủ Thiên hoàng Minh Trị của Nhật Bản về việc bỏ đi chỏm tóc trên đầu và điều này đã khiến Gichin không đủ điều kiện để theo đuổi mục tiêu theo học trường y (bởi vì trường không nhận học sinh còn để chỏm tóc trên đầu), mặc dù đã vượt qua kỳ thi tuyển sinh.  Được đào tạo cả về triết học và giáo lý cổ điển Trung Quốc và Nhật Bản, Gichin trở thành trợ giảng tại một trường tiểu học ở Okinawa sau khi đã đi cắt đi chỏm tóc của mình. Trong thời gian này, mối quan hệ của anh với gia đình Azato ngày càng phát triển và anh bắt đầu luyện tập karate bí mật (vào thời đó , chính quyền cấm tập luyện karate, vì thế các buổi tập phải diễn ra trong bí mật) dưới sự chỉ dẫn của thầy Anko Azato hàng đêm tại nhà thầy của mình. Cũng trong thời gian này, Gichin còn nhận được sự chỉ dạy của Anko Itosu - một người bạn thân thiết của Anko Azato. Dưới sự chỉ điểm của Anko Azato và Anko Itosu, Gichin tiếp tục siêng năng tập luyện karate, học hỏi một số vị thầy (Anko Azato và Anko Itosu chỉ cho Gichin đi học những tinh hoa, điểm mạnh của các võ sư karate khác trong vùng): sư phụ Kiyuna, người với tay không có thể lột vỏ một cái cây trong chớp nhoáng; sư phụ Toono ở Naha, một trong những học giả về Nho giáo nổi tiếng nhất của hòn đảo; sư phụ Niigaki, người gây ấn tượng sâu sắc nhất với Gichin về sự gần gũi, và sư phụ Matsumura, một trong những karateka lớn nhất thuộc hệ phái Shorin-ryu. Cho đến lúc đó , Gichin vẫn không hề quên hai vị sư phụ đầu tiên của mình. Ngược lại, Gichin còn tìm cách để có thời gian với họ càng nhiều càng tốt, và từ họ Gichin đã được học hỏi không chỉ về karate mà còn về nhiều điều khác.